Các giám đốc thay đổi nhau nhưng NSA vẫn phải gửi dòng điện mật mã được giải mã cho các nhà phân tích của CIA. Và mặc dù ban lãnh đạo NSA hiểu cặn kẽ các vấn đề tổ chức chặn thu và giải mã các bức điện mật mã thu được nhưng NSA vẫn thua kém CIA và Bộ Ngoại giao Mỹ về khả năng phân tích và đánh giá giá trị của thông tin thu được.
Trong các cuộc họp, hội nghị của cộng đồng tình báo Mỹ, các giám đốc NSA cảm thấy mình rất không thoải mái bởi vì họ không có thông tin đầy đủ về tình hình chính trị trên thế giới.
Thể hiện rất rõ điều đó là câu chuyện về một chiến dịch của NSA bị đổ vỡ do sai lầm trong cách diễn dịch thông tin do thám thu được. Việc đọc được nội dung liên lạc cơ yếu vào cuối tháng 10 năm 1956 giữa London, Paris và Tel Aviv đã cho thấy Anh, Pháp và Israel đang chuẩn bị tấn công Ai Cập. Tuy vậy, NSA nghĩ tin này phi lý nên đã nhận định rằng, đây là nói về một âm mưu tinh vi nào đó nhằm gây chia rẽ trong quan hệ của Mỹ với những nước này. Các sự kiện sau đó ở Cận Đông đã cho thấy hết sự sai lầm của các kết luận đưa ra.
Các nhân viên CIA thỉnh thoảng còn có được sự thoả mãn tinh thần từ các bài báo về hoạt động và thành tích của cơ quan mình được đăng trên báo chí. NSA thì hoàn toàn bị quên lãng. Năm 1965, khi Marshall S. Carter trở thành Giám đốc NSA thì cũng chỉ có vài quan chức ở Washington biết đến sự tồn tại của NSA. Thậm chí ở Liên Xô, có lẽ người ta còn biết về NSA nhiều hơn. Trên tờ báo “Nước Nga Xô-viết” (Sovietskaya Rossiya) đã đăng một bài báo trong đó tác giả gọi Carter là “Pat Tai Điện tử”.
Trong bài báo có viết về khả năng của Carter tiến hành những công việc đen tối của mình theo nguyên tắc “tình báo viên nào càng bị ít người biết đến thì càng giỏi”. Vậy là Carter đã quyết định chấm dứt cái tình trạng đó của NSA, kể cả nếu để làm vậy ông buộc phải làm trái với những quan niệm của mình về hoạt động bí mật.
Trong tờ khai lý lịch của Carter có học viện quân sự danh tiếng, nơi ông ta học về công binh, cũng như chức chỉ huy đơn vị phòng không thời chiến tranh thế giới thứ II. Trong những năm thời bình, Carter giữ chức cố vấn đặc biệt của ngoại trưởng, sau đó là phó giám đốc CIA (Khi còn là học viên học viện quân sự, Carter chơi khúc côn cầu rất hăng, những năm trưởng thành, ông ta là một cổ động viên nhiệt thành của môn thể thao này. Năm 1962, ông ta trở thành chủ tịch Liên đoàn Khúc côn cầu Quốc tế và uỷ viên Uỷ ban Olympic).
Khi nhậm chức Giám đốc NSA và hơi đứng vững ở cương vị mới, Carter bắt đầu mời các quan chức có trọng trách của chính quyền Mỹ đến làm khách của mình ở Fort Meade và hy vọng bằng cách đó nâng cao vai trò của NSA. Những cố gắng đã không vô ích và vào năm 1968, Phó tổng thống Mỹ Humphrey đã đến thăm NSA (năm 1981, vị phó tổng thống lúc đó George Bush cũng đã làm điều tương tự). Humphrey đã đọc một bài diễn văn tại đây. Nội dung chính của nó là các nhân viên NSA làm công việc khó khăn, rất hữu ích, mặc dù không hy vọng có được sự đánh giá cao từ phía công luận. Theo lời vị phó tổng thống, ban lãnh đạo đất nước biết đến lao động của họ và đánh giá cao nó. Các nhà mã thám Mỹ ngồi trong gian phòng lim dim thoả mãn với những lời tán tụng của Humphrey.
Cần phải lưu ý cả chi tiết: Carter chủ ý không mời các quan chức cao cấp của Bộ Quốc phòng Mỹ đến thăm NSA. Vấn đề là ở chỗ về chính thức NSA là một cơ quan hoạt động độc lập trong cơ cấu của Bộ Quốc phòng. Carter quyết định vin vào cái từ “độc lập”, chứ không nhấn mạnh vào sự trực thuộc của NSA vào Bộ Quốc phòng. Sau này ông đã thừa nhận là khi làm Giám đốc NSA trong 4 năm, ông đã đấu tranh cực nhọc với phe quân đội để giữ sự độc lập của NSA nhằm cố giữ dù chỉ là những gì ông ta thừa hưởng từ những vị giám đốc tiền nhiệm trong kế hoạch thực hiện đường lối chính trị độc lập.
Gốc rễ của những rạn nứt giữa NSA và Bộ Quốc phòng Mỹ là mong muốn tự nhiên của NSA thiết lập sự kiểm soát riêng của mình đối với ngân sách. Trước năm 1969, ở các cương vị khác nhau có 95.000 người làm việc tại NSA - đông hơn 5 lần so với CIA. Ngân sách của NSA gồm tất cả các khoản chi cho tình báo vô tuyến điện tử: từ những bộ tai nghe cho các nhân viên vận hành tại các trạm chặn thu ở Maroc cho đến các máy tính siêu hiện đại trong các tầng hầm của đại bản doanh ở Fort Meade.
Đến đầu thập niên 1970, do gánh nặng chi phí lớn cho cuộc chiến ở Việt Nam, người ta đã áp dụng các biện pháp cắt giảm chi phí cho các cơ quan chính phủ (điều này liên quan đến cả NSA). Bởi vậy, điều quan trọng sống còn với NSA là NSA phải tự kiểm soát được ngân sách của mình. Bằng cách đó, NSA sẽ có thể độc lập xác định cần phải cắt giảm chi phí ở đâu. ở một bên chiến tuyến đấu tranh giành quyền kiểm soát ngân sách có các nhân vật dân sự lãnh đạo NSA và khẳng định một cách có lý rằng, họ hiểu rõ nhất nhu cầu của NSA. Phía bên kia là phe quân sự, những người chỉ huy công tác chặn thu.
Carter đã để lại sau mình một huy hiệu mới của NSA. Ban đầu huy hiệu này như sau: Chạy theo mép trên là dòng chữ “National Security Agency” (Cục An ninh Quốc gia), mép dưới là dòng chữ “Department of Defense” (Bộ Quốc phòng), còn ở giữa biểu tượng là con đại bàng xoè cánh với những mũi tên và tia chớp phóng ra từ dưới đuôi. Carter đã đạt được việc thay dòng chữ “Department of Defense” bằng dòng chữ “United States of America” (Hợp chủng quốc Hoa Kỳ) và sửa đôi chút hình vẽ con đại bàng nữa.
Lúc này, con mãnh điểu này đã không còn xoè cánh đầy hăm doạ nữa, mà khép cánh sát thân để thể hiện tính chất bảo vệ chứ không phải tấn công của hoạt động bí mật. Tuy nhiên cục này vẫn là cục an ninh chứ không phải là cái gì khác! Những mũi tên và tia chớp không biết lấy ở đâu ra cũng bị bỏ đi.