Thuyền trưởng Pueblo là Lloyd Butcher đã nhận được qua vô tuyến điện mệnh lệnh từ một xuồng tuần tiễu Triều Tiên bắt phải đi theo tàu đó. Butcher báo cáo tình hình về căn cứ của NSA ở ngoại ô Tokyo thông qua trạm chặn thu ở Kamisi. Ông ta nhận được lệnh không được đầu hàng trong mọi tình huống. Butcher liền hạ lệnh quay mũi ra khơi, đồng thời bắn trả từ một vũ khí có trên tàu.

Để đáp lại, dĩ nhiên, các xuồng Triều Tiên đã bắn xối xả vào tàu Pueblo bằng mọi loại vũ khí của họ. Lần này, Butcher quyết định chấp hành lệnh của người Triều Tiên. Trong suốt một giờ trên đường vào một cảng của Triều Tiên, các thuộc cấp của Butcher vội vã thiêu huỷ giấy tờ mật. Vốn đã được bài học cay đắng từ mưu toan dùng hoả lực đáp lại hoả lực nên thuỷ thủ đoàn của tàu Pueblo không hề kháng cự.

Báo cáo cuối cùng mà căn cứ của NSA nhận được từ tàu Pueblo có nội dung: “Tàu bị tấn công. 4 người bị thương, 1 bị thương nặng. Chúng tôi rút khỏi làn sóng và phá huỷ máy phát”.

Trong 11 tháng tiếp theo sự kiện này, cả Butcher và thuỷ thủ đoàn của ông ta, cùng con tàu đã phải làm “khách” của người Triều Tiên. Thời gian thừa đủ để người ta thẩm vấn các chuyên gia mã thám tù binh hoạt động , những người đã lên tàu dưới vỏ bọc các nhà hải dương học vào tháng 12 năm 1967, và để nghiên cứu trang thiết bị do thám vô tuyến điện thu được. Người Triều Tiên đã buộc phải di rời khỏi vị trí lắp đặt ban đầu trên tàu một phần thiết bị nặng cả tấn.

Trong số các bộ phận chính của trang thiết bị điện tử trên tàu Pueblo và các tàu do thám tương tự là những chiếc anten đôi lớn (để xác định các tín hiệu thu được từ đâu đến, sau đó máy thu của tàu được chỉnh sóng theo các tín hiệu này), các anten tần số thấp (độ sâu hoạt động ngầm dưới nước là tới 15 mét để liên lạc với tàu ngầm), thiết bị định vị (để thu các tín hiệu vô tuyến điện bị phản xạ từ các tầng khí quyển dày đặc), các anten hình cầu (phương tiện chính để nghe lén các cuộc đàm thoại của phi công các máy bay) và ống nghe dưới nước (để nghe các tín hiệu riêng của “âm thanh” tàu ngầm đi ngang qua các tàu).

Tất cả các tín hiệu của các máy thu trên tàu Pueblo được tự động ghi lại, các chuyên gia trên tàu lọc ra những tín hiệu mà họ cho là quan trọng nhất và nạp các tham số của chúng vào máy tính trên tàu để so sánh với các tham số đã biết, cũng như gửi chúng cùng các thông tin do thám vô tuyến khác về bản doanh NSA ở Fort Meade. ở đó, người ta tiếp tục phân tích chúng, nhưng ở cấp độ cao hơn. Trong khi các chuyên gia mã thám nát óc để giải phá các mật mã mà nước đối tượng do thám vô tuyến sử dụng để bảo vệ các bí mật của mình chống xâm nhập thì các chuyên gia phân tích khác của NSA cố phát hiện trong các thông tin thu được những dữ liệu về cơ cấu phòng thủ của nước đó, vị trí triển khai và mức độ sẵn sàng chiến đấu của các đơn vị quân đội.

Butcher và thuỷ thủ đoàn của ông ta đã khai viết rằng, tàu của họ đã xâm nhập lãnh hải của Cộng hoà Dân chủ Nhân dân Triều Tiên để tiến hành các hoạt động do thám vô tuyến. Các chiến dịch này bao gồm việc do thám vô tuyến điện tử đối với các mục tiêu quân sự ở vùng duyên hải Cộng hoà Dân chủ Nhân dân Triều Tiên, xác định toạ độ bố trí các đài radar và mọi loại thiết bị phát tín hiệu điện tử khác, sức chứa của các cảng, số lượng tàu vào ra, cũng như tiến hành các nghiên cứu hải dương học dọc theo bờ biển.

Tổng thống Johnson công khai xác nhận tàu Pueblo đã nhiều lần xâm nhập vào lãnh hải Cộng hoà Dân chủ Nhân dân Triều Tiên để săn tìm các bí mật quân sự và bí mật nhà nước của nước này. Nếu Mỹ không đưa ra những lời thừa nhận này, các quan chức Bắc Triều Tiên từ chối làm bất cứ cái gì để giải phóng các công dân Mỹ bị bắt trên tàu Pueblo.

Không lâu sau, thuỷ thủ đoàn của tàu Pueblo đã có được sự tự do mong đợi lâu nay, còn trên báo chí Mỹ thì xuất những tin tức nói rằng, tàu Liberty và tàu Pueblo vào những thời điểm khác nhau đã được sử dụng để tiến hành hoạt động tình báo vô tuyến điện tử đối với lãnh thổ Mozambic, Tanzania và Angola.

Thông tin nhận được đã được gửi tới các chi nhánh của NSA ở châu Âu và bởi lẽ nó không có tầm quan trọng hàng đầu đối với Mỹ nên còn được chuyển cho NATO. Như vậy, Bồ Đào Nha là một thành viên NATO, chẳng cần phải nỗ lực lắm cũng vẫn có được các tin tức quân sự quan trọng về các phong trào giành độc lập ở các nước mà Bồ Đào Nha đang tiến hành cuộc chiến tranh thực dân chống lại họ.

Tất cả điều này không làm chương trình phát triển hạm đội do thám của NSA được soạn thảo trong thập niên 1960 thêm nổi tiếng. Theo chương trình này, ban đầu dự định sử dụng một tàu do thám ở Tây Thái Bình Dương, còn năm sau đó đóng thêm hai tàu như vậy. Nếu hoạt động của các tàu mà thành công thì tiếp đó sẽ đóng cả một tiểu hạm đội tàu do thám.

Sau những tổn thất mà hạm đội do thám Mỹ chịu đựng trong các vụ Pueblo và Liberty, do áp lực của công luận phẫn nộ, các quan chức ở Washington đã công khai tuyên bố rằng, các thiết bị điện tử sẽ bị tháo dỡ khỏi tất cả các tàu do thám vô tuyến, còn các tàu sẽ bị cắt làm sắt vụn và Mỹ sẽ không đóng các tàu do thám mới. Tuy vậy, đó thực ra là tin giả có chủ đích. Các tàu do thám Mỹ tiếp tục lãng du trên các các vùng biển của đại dương thế giới.

Vậy số phận cuối cùng của tàu Pueblo là thế nào? Về chính thức, sau sự kiện ngày 23 tháng 1, nó vẫn thuộc hạm đội 7 Mỹ, nhưng trên thực tế nó nằm trong tay người Triều Tiên và họ đã buộc tàu Pueblo từ bỏ mãi mãi các hoạt động do thám bằng cách giữ lại nó để bồi thường cho các chi phí cho việc bắt giữ tàu này. Họ đã nã đại bác ư? Đã nã. Các xuồng tuần tiễu Triều Tiên đã đốt nhà tắm nắng ư? Họ đã đốt. Nhưng ai sẽ trả tiền? Chú ấy ư? Tất nhiên là “ông chú” có tên là Sam. Vậy là chiếc tàu Pueblo trước kia nay phải cần mẫn chở hàng hoá dân sự dọc theo bờ biển Triều Tiên.

Cộng hoà Dân chủ Nhân dân Triều Tiên còn có vinh dự xử lý cả “Pueblo bay”, tên lóng do chính người Mỹ đặt cho loại máy bay do thám hải quân EC-121. Ngày 21 tháng 4 năm 1969, chiếc máy bay này đã xâm nhập không phận Bắc Triều Tiên và bị một máy bay đánh chặn của Không quân Bắc Triều Tiên bắn rơi. Một lần nữa, giống như sau vụ xì căng đan với tàu Pueblo, tiếp sau lại là những lời thú nhận bắt buộc của phía Mỹ. Cụ thể, tại cuộc họp báo ở Nhà Trắng, phía Mỹ đã xác nhận là trong vòng 20 năm, họ đã và đang tiến hành hoạt động tình báo vô tuyến điện tử từ trên không ở gần Cộng hoà Dân chủ Nhân dân Triều Tiên và chỉ từ đầu năm 1969 đã thực hiện gần 200 chuyến bay như vậy.